En 1802, la paz de Amiens dio un breve respiro al abrir las comunicaciones con los territorios de ultramar. Carlos IV ordenó el envío de buques de la Armada al virreinato del Perú con el fin de trasladar a España los bienes de la Hacienda pública allí acumulados durante los años de la guerra. La Clara y la Mercedes, en el puerto del Ferrol, y la Asunción, en el de Cádiz, fueron las fragatas de guerra dispuestas para cumplir esta misión de Estado.
Las reales órdenes y la correspondencia entre el primer ministro Godoy, los ministros de Marina y Hacienda, Grandallana y Soler, y el virrey del Perú, el marqués de Avilés, marcan la ruta seguida por la Mercedes y demuestran el carácter oficial del que fue su último viaje.
El 27 de febrero de 1803 la Mercedes inició su viaje rumbo al Callao, en Lima, con regreso a Cádiz, vía Montevideo, de donde partió el 9 de agosto de 1804. La flotilla de la Armada navegaba confiada en la paz cuando, a tan solo un día de arribar al puerto de Cádiz, su travesía se vio interrumpida por el ataque de una escuadra británica que provocó la explosión y hundimiento de la Mercedes en aguas del Atlántico, frente a las costas del Sur de Portugal.
Carta de Godoy al Ministro de Marina
Oficio de Manuel Godoy de 13 de septiembre de 1802 dirigido a Domingo de Grandallana, Ministro de Marina Manuscrito Archivo General de la Marina Álvaro de Bazán. Viso del Marqués. Ciudad Real. AGMAB. Ministerio de Marina. Expediciones a Indias. Leg. 31
Estado de Fuerza y Vida de la Mercedes
El Estado de Fuerza y Vida fechado el 7 de agosto y firmado por su comandante José Manuel de Goycoa es el último documento conocido de la Mercedes antes de su salida.
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